Jinkai Hyuga nasce a Konoha durante il regno di Amaterasu Uchiha Kaguya. Come tutti i membri del suo clan, viene presto iniziato alle arti marziali, dove si rivela ben più abile e potente degli altri ragazzi. Ma da poteri superiori derivano ambizioni superiori: il giovane Hyuga vuole sempre più potere e sposta la sua attenzione sulle arti magiche ninja. Decide quindi di iscriversi all'accademia ninja della Foglia, dove le naturali doti lo portano ad essere considerato un genio. Ma neppure questo è sufficiente a placare la sete di potere del giovane che, all'età di tredici anni, lascia il villaggio e prende a vagare per la Terra del Fuoco in cerca di sfide e avventure.

Tornerà al villaggio solo due anni dopo, proprio mentre si stava svolgendo, all'interno del clan, un torneo per determinare chi sarebbe stato l'erede dell'attuale capofamiglia che, senza figli, si stava avvicinando alla fine dei suoi giorni. Sicuro delle sue possibilità, Jinkai si iscrive al torneo ma, durante il suo primo incontro, il suo avversario resta ucciso. Jinkai è potente, ma non sa controllare la sua forza. L'incidente gli costa l'esclusione dal clan. Senza una casa o una famiglia, il ragazzo comincia a covare un profondo disprezzo verso i membri del suo clan. Vive alla giornata, sopratutto grazie al servizio come shinobi. Il suo passato, comunque, continua a perseguitarlo: le alte sfere del villaggio, che da sempre tengono in gran considerazione il parere delle famiglie nobili, hanno sempre fatto il possibile per ostacolarlo e metterlo in cattiva luce.

Ormai divenuto Jonin nonostante le avversità, Jinkai si sottopone a continui addestramenti mirati a controllare la sua forza e il suo temperamento aggressivo. Lo Hyuga diventa un uomo di pace, trovando conforto nel vino e nelle frivolezze, riprendendo a viaggiare per le terre ninja in cerca di avventure, ma anche di tranquillità dalla frenetica vita del villaggio. Durante l'attacco di Akatsuki a Konoha, Jinkai si unisce al guardiano Minato Namikaze e al ninja medico Shuya nel loro tentativo di contrastare gli invasori. I tre riescono a trovare il sennin Hiashi Hyuga, ma non a raggiungerlo, in quanto egli si era murato vivo in una stanza nei sotterranei della base ANBU, barricandosi dietro una parete di metallo, troppo resistente per essere abattuta. Bisognosi dell'aiuto del sennin per tentare un qualsiasi contrattacco, il guardiano trasporta il gruppo entro il perimetro delle mura di Kumo, il villaggio della Nuvola. L'obiettivo è un tesoro, gelosamente custodito nell'ufficio del Raikage, che avrebbe dovuto aiutare il gruppo nella liberazione del sennin. La situazione degenera in fretta: ad attendere il gruppo c'era infatti il demone corvo Shinkiro, un animale posseduto da energie oscure. Dopo un duro combattimento, che termina con la morte del corvo, Jinkai riesce a fuggire da Kumo, portando con se una sfera blu. Con l'entità Shinkiro apparentemente distrutta per mano dello stesso Jinkai, le autorità della Nuvola mettono una taglia sulla testa dello Hyuga.

Tornato a Konoha, Jinkai trova il villaggio sottomesso alla guida di Danzo Shimura, un membro dell'organizzazione Akatsuki, posto al potere in seguito alla conquista del villaggio. Sebbene apparentemente interessato al bene e alla sicurezza del villaggio, lo Hyuga non ha mai visto di vuon occhio il vecchio shinobi, disapprovando e discutendo i suoi ordini in varie occasioni. Ha conosciuto il IX Mizukage Tobirama Senju quando questi si presentò in un campo d'addestramento della Foglia, in risposta alla provocazione di un ANBU. In quell'occasione Jinkai, vedendo la possibilità di evitare uno spargimento di sangue, consapevole delle difficoltà di una guerra con Kiri in un periodo in cui Konoha era governata da un despota straniero, interviene a fermare il compaesano, impedendogli di attaccare la massima autorità della Nebbia, gesto che avrebbe di certo condotto allo scontro prima e alla guerra in seguito. In quella stessa occasione si presenta l'Hokage reggente Danzo che, dopo aver cancellato dalla mente dello Hyuga il ricordo di quanto aveva visto (Jinkai aveva infatti visto sotto le bende dello Shimura, appurando le modifiche genetiche e i trapianti che aveva subito), ordina a lui e all'ANBU Hebikawa Inku di lasciare la zona. Mentre i due tornano al villaggio, l'Inku, che era anche la forza portante del Sanbi, cede alla rabbia e lascia uscire il demone, che prende il sopravvento. Dopo un duro scontro, durante il quale Jinkai ha dovuto fare appello alle sue tecniche più potenti, il Jonin riesce a sconfiggere il demone e a sottometterlo, consentendo al compagno di riprendere il controllo.

L'ultima azione a Konoha dello Hyuga è la visita alla Jonin Aiko Uzumaki, alla quale rivela il tradimento del ninja medico Shuya. Pochi giorni dopo, infatti, lo Hyuga viene contattato dall'Hokage reggente, che gli ordina di recarsi a Kiri, dove avrebbe servito come shinobi, in cambio della pace tra i due villaggi. Riluttante a eseguire l'ordine, ma consapevole del jutsu di controllo mentale della massima autorità della Foglia, Jinkai rifiuta esplicitamente il comando, costringendo di fatto l'uomo a usare la sua tecnica. Convertito ai dogmi e alla mentalità Kiriana dallo Shimura, prima di avviarsi verso la Nebbia, il Jonin guarda nuovamente sotto le bende dell'Hokage reggente, stavolta incapace di cancellargli la memoria, a causa dei limiti del suo stesso jutsu, che non può essere usato due volte se non a distanza di parecchio tempo. Acquisite tutte le informazioni, lo Hyuga si avvia quindi verso i territori della Nebbia, dove ad attenderlo c'era l'emissario di Kiri, l'ANBU Gin Ichimaru. Presentatosi ufficialmente di fronte all'ombra dell'Acqua, Jinkai riceve il coprifronte con il simbolo della Nebbia e il marchio del nono Mizukage.

Memore delle ingiustizie subite, il Jonin Kiriano prepara in silenzio la sua vendetta contro l'Hokage: ripreso contatto con l'ANBU Hebikawa Inku, lo Hyuga gli fornisce tutte le informazioni che possiede su Danzo, suggerendogli di contattare persone fidate e organizzare un movimento per contrastare il dominio imposto dall'Organizzazione Alba. Durante il suo servizio alla Nebbia, l'uomo fa la conoscenza di un eccentrico ANBU di Iwa, Wave Thunderbolt, il quale si dichiara a capo di una organizzazione capace di offrire praticamente ogni genere di servizi, a chi potesse permetterseli. Intuendo il potenziale della risorsa che gli veniva offerta, il Jonin mantiene i contatti con Wave e la sua organizzazione, senza mai esporsi troppo, non sapendo quanto realmente ci si potesse fidare.

Negli anni in cui ha prestato servizio come Jonin di Konoha, Jinkai ha avuto un allievo: Noctis Luci Uchiha, scelto dallo stesso Hyuga, che nel giovane aveva visto del talento. Dopo la partenza dalla foglia, i due si sono rivisti solo una volta, nei pressi di Suna, in occasione di una missione di rango S.